谢邀，我是倮倮，我来宏观的回答一下：昆明和大理都是云南的兄弟城市，都是新中国后第一批历史文化名城。这里是只理性叙述发生过的历史脉络，不刻意比较优劣，（希望大家理性看待）。
【宏观历史发展】
▲古滇博物馆效果图（网络图片）
云南有两个【第一批国家历史文化名城】，那就是昆明和大理，两个城市都有着辉煌的历史和文化，而且在历史上都做过云南的政治中心（郡治/首都/省会）是云南最有历史底蕴的两座双子星城市。历史上云南的统治中心，并不是一成不变的。历史脉络大致是，最早（前秦两汉时期）在今昆明地区滇池流域（王城/郡治），后来（三国魏晋南北朝）移至曲靖地区（郡治），又到(隋唐至两宋时期)的南诏国、大理国（首都），最后（元明清）又回昆明（省会）。
【古滇国和南诏国 简介】
▲云南省博物馆古滇青铜器（网络图片）
【 古滇文明 】是云南3000年青铜文明最耀眼的文明代表。初期范围为滇中地区（今昆明地区+今玉溪地区），楚将庄蹻建国后打败了滇西昆明族，势力扩展至滇西地区。
▲云南最古老的画《南诏图传》（网络图片）
【 南诏国时代 】的彩云之南，是云南地方政权最强大的时代，疆域约79万平方公里（面积是现在云南面积（39万）的约一倍大，而且军事实力也不容小视，堪称地区小霸，外交游走于大唐和吐蕃两大国之间）。
历史脉络大致如下：【前秦时代的昆明地区】
【文明之光】公元前475年—公元220年
＊【时间跨度】战国——秦——前/后汉【约300年】
＊【政治地位】古滇王国王城 /郡治（益州郡）
＊【古滇国奠基人】楚将-庄蹻（第一代滇王）
＊【昆明地名渊源】 昆明 最早是指滇西洱海流域的部落【昆明人】，而非地名。 昆明 即【昆明千户所】在元朝时正式成为官方地名记载于史书中。
＊【最早文明的诞生】滇池地区拥有3000年的文明史，滇中地区湖泊众多（高原5大湖泊环布四周）加上宽阔的盆地等先天自然优势，让滇中滇池流域诞生了云南最早最悠久的【古滇青铜文明】。古滇先民率先结束茹毛饮血的游猎生活进入初级文明时代，成为当时云南相对先进的农耕民族。
＊【云南最早的城池出现】（纪元前298～277年间）楚将庄蹻入滇征服当地土著后，返途被秦国所阻，索性建国筑城名为【苴兰城】也称庄蹻故城（今晋宁区晋城镇），因此今昆明拥有2200多年的建城史有此开始。
【延伸点一】先秦时代云南大致诞生了三个相对强大的地方势力，分别是：
1.滇中地区—古滇国（古滇人）
2.滇西北—昆明族部落（昆明人）
3.滇西南—古哀牢国（傣族先民）
▲庄蹻故城想象复原图（网络图片）
▲益州郡地图（网络图片）
【三国至南北朝时代的曲靖地区】
【南中大姓—爨文化】公元220年——公元589年
＊【时间跨度】三国—两晋—南北朝【约400余年】
＊【爨（cuàn）文化】公元339年-公元794年
＊【政治地位】郡治（益州郡/建宁郡）
＊【地方政权奠基人】爨琛，（三国末期生人，跨越西晋，东晋时云南地方爨氏政权创建者）
▲爨宝子碑
▲建宁郡地图（网络图片）
【延伸点二】【南中大姓】有爨、孟、李、董、雍、毛、朱、吕等大姓，为（公元前1世纪—公元4世纪两汉至东晋时期）定居南中地区的汉族豪强势力。
【隋唐至两宋时代的大理地区】
【地区小霸—妙香佛国】公元581—公元1279年
＊【时间跨度】隋唐—五代十国—两宋【约700年】
＊【政治地位】国家首都（南诏国/大理国）
＊【南诏国奠基人】皮罗阁 （彝族先民贵族政权）
＊【大理国奠基人】段思平 （白族先民贵族政权）
【延伸点三】今昆明（拓东城\鄯阐城）此时为东都，国家副中心。
【延伸点四】 大理 作为正式地方地名（洱海流域）始于元朝时，大理国原国都原名为【羊苴咩城】
▲“蒙舍诏”发源地巍山
▲天龙八部影视城中的（大理王宫殿群）
▲南诏国时期是云南地方政权最强盛的时期（网络图片）
【元明清时期的昆明地区】
【边疆大省】公元1271年 — 今
＊【时间跨度】元—明—清—民国—今，约700年】
＊【政治地位】行省省会
＊【省会改迁主导者】赛典赤-瞻思丁
▲云南省第一任省长【赛典赤-瞻思丁】（网络图片）
▲明朝云南府～府城-【龟城】（网络图片）
【云南政治中心城市演变过程】{前秦时代}：【庄蹻故城（苴兰城）】今晋宁区晋城镇——至——{两汉时代}：【滇池县】今晋宁区晋城镇 ——至——(魏晋南北朝时代}：【味县】今曲靖市——至——【同乐县】今曲靖陆良县——至——【味县】今曲靖市——至—— {南诏国时期}：【太和城】（今大理市）——至——{大理国时期}【羊苴咩城】（今大理市）——至——{蒙元时期}【中庆路（鸭池）】（今昆明市区）——至——{明清时期}【云南府】（今昆明市区）——昆明县（民国）——昆明市（民国）——地级昆明市（今）
▲昆明老城小西门 晚清影像（网络图片）
▲大理古城（网络图片）
▲曲靖南城门（网络图片）
昆明重新成为云南政治中心大致有以下原因：＊1.【地理位置优越】昆明的地理位置绝佳，大致处于云南的中心位置偏东，便于全省统筹管理，( 云南多山古代交通极为不便，为了减少行政成本和效率，“居中而治”绝对是居中的昆明也就更容易受到统治者的青睐。还有在一个就是，昆明地理上比滇西的大理更靠近中原，与元大都往来更方便，利于中央政府统治。)
▲元朝时期的云南行省地图（网络图片）
＊2.【自然环境、水利、农耕等条件优越】昆明周围自然环境优越，坝子更加宽阔，且周围湖泊众多，水利灌溉条件比较好，利于农耕，（滇池、阳宗海、抚仙湖、星云湖等），古代滇池流域之所以产生了云南最早的农耕民族古滇人和青铜文明【古滇文明】，离不开肥沃的土地和湖水的滋养，所以【云南有大坝区+大湖】的粮食高产地在云南并不多。
▲整个滇池盆地约1000多平方公里（排除旱坝子）是云南最大的平原地区
＊3.【滇池衰退，北岸城建崛起】古滇池是衰减性湖泊因此平均水位较浅，随着历史的发展，古滇池水位也在不停的下降，唐朝时滇池面积约500里，到了近代，约330里。北岸大片丘陵和平地已露出水面，北岸平坝面积不断扩大。农耕和交通条件均优于空间相对狭小的滇池南岸，北岸取代南岸从此成为昆明地区城市发展的重点区域。自然条件的巨大改观，也让后续的统治者越来越重视滇池北岸的开发。南诏大理国时代作为东都的【拓东城】、【鄯阐城】在滇池北岸得到空前开发。到大理国末期，东都鄯阐城已发展成为滇中一座“商工颇众”的繁华城市，为后来政治中心转移奠定了基础。
▲滇池流域城市建设北岸代替南岸成为中心
▲古滇池水位变化图
＊4.【便于削弱和控制前朝影响】为了统治，元朝在灭亡大理国后，并没有对前朝皇族赶尽杀绝，而是在大理设立大理总管（段氏世袭），为了防范和摆脱前朝大理国时代的影响，加强控制云南全局，搬迁行政中心到昆明地区无疑是最佳的决定。
＊5.【昆明在后续（明清）政治文化人口等资源的高度集中和加强】明朝时期大量中原人口迁入昆明，昆明汉族首次超过本地土著，明清大力并推行了改土归流，加强对西南边陲的控制。特别清朝将云贵总督署设置在昆明，不但提高了昆明的政治地位，而且大量的外来移民带来了中原文化，也促进了云南与内地省份的经济文化交流，这无疑加强了昆明政治、经济、文化，的地位，而偏西的大理地位越来越边缘化，仅仅作为滇西重镇，再无力与昆明竞争。
▲清朝总督署分布图
▲云贵总督署旧址（今云南胜利堂）
总而言之，云南历史的行政区中心虽有变化，但相对稳定，并不算太频繁（相比其他省份比如：河北省的省会和广西首府可以了解一下）做了500年王都/郡治和700年省会的昆明历史沉淀厚重，也造成了云南资源（经济、文化、医疗、教育）高度集中昆明，一城独大的格局。当然话又说回来，事务发展有两面性，大理虽然政治首位度下降，但也因为是民族自治州，大致保住了自己城市和民族的文化脉络和青山绿水，成为全国和云南最知名旅游城市之一，也算是塞翁失马焉知非福。（对比昆明城市发展特色的尽失。）
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